آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت عالم ربّانی و سالک توحیدی آیت‌الله آقای حسن‌زاده آملی را تسلیت گفتند و نوشتند: این روحانی دانشمند و ذوفنون از جمله‌ی چهره‌های نادر و فاخری بود که نمونه‌های معدودی از آنان در هر دوره، چشم و دل آشنایان را می‌نوازد و توأماً دانش و معرفت و عقل و دل آنان را بهره‌مند می‌سازد.